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侯永昌，2008.07,「資訊分享技術之研究」，國科會補助專題研究。NSC96-2221-E-032-027。
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侯永昌，2005.07,「無須像素擴展之視覺式多祕密影像分享機制最佳化模型」，國科會補助專題研究。NSC93-2213-E-032-033。
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侯永昌，2004.07,「應用共演化式遺傳演算法於電子商務協商機制之研究」，國科會補助專題研究。NSC92-2416-H-008-012。
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侯永昌，2002.07,「基於遺傳演算法之視覺密碼技術」，國科會補助專題研究。NSC90-2213-E-008-047。
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侯永昌，2001.07,「彩色視覺密碼」，國科會補助專題研究。NSC89-2218-E-008-009。
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侯永昌，陳培敏，1999.05,「中衛體系CITIS整合作業環境之研究」，資策會補助專題研究。
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楊潔豪，侯永昌，1999.01,「新竹市資源回收日示範計畫」，新竹市環保局補助專題研究。
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張克章，侯永昌，1998.06,「SGML文件物件儲存管理之設計與製作」，資策會補助專題研究。(86)資技約字第0671號。
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侯永昌，陳培敏，1997.07,「物件導向資料模式技術應用於地理資訊系統之研究
(二)」，國科會補助專題研究。NSC86-2213-E-008-023
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侯永昌，陳培敏，1996.07,「物件導向資料模式技術應用於地理資訊系統之研究
(一)」，國科會補助專題研究。NSC85-2213-E-008-013。
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侯永昌，范懿文，1996.04,「資訊服務業個體導向技術應用因素及推動策略之研究」，資策會補助專題研究。(85)資技約字第0004號
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侯永昌，1995.07,「模糊理論應用在使用者資訊滿意度下之資訊系統評估」，國科會補助專題研究。NSC84-2213-E-008-007。
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侯永昌，1995.07,「全球定位系統在地理資訊系統上之應用研究
(二)」，國科會補助專題研究。NSC84-2213E-008-022。
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侯永昌，范懿文，1995.06,「國內個體導向技術應用因素及推動策略之研究」，資策會補助專題研究。(83)資技約字第0451號。
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侯永昌，陳培敏，1994.06,「個體導向式資料庫對地理資訊系統工具開發的引響」，資策會補助專題研究。(83)資技約字第53號。
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侯永昌，1994.01,「全球定位系統在地理資訊系統上之應用研究」，國科會補助專題研究。NSC82-0115-E-008-187。
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李彌，侯永昌，張秀明，1993.10,「中正機場貨運整體規劃研究」，交通部民用航空局委託研究。
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侯永昌，季延平，郭鴻志，1993.01,「物件導向式軟體再利用資料庫」，國科會補助專題研究。NSC81-0408-E-008-539。
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侯永昌，1986.10,「東亞及北太平洋高空網格點風及溫度預報之製作」，民用航空局飛航服務總台專刊。
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侯永昌，1985.09,「高空天氣圖客觀分析之應用研究」，民用航空局飛航服務總台專刊。
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侯永昌，1984.11,「Prime多指標資料接收系統之應用研究」，民用航空局飛航服務總台專刊。
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侯永昌，1983.08,「氣象電腦填圖報告」，民用航空局飛航服務總台專刊8301號。
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侯永昌，1980.12,「雷雨預報電腦作業副系統」，民用航空局氣象中心專刊。
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侯永昌，1978.05,「晴空亂流及現行預報法之研究」，民用航空局氣象中心專刊。
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侯永昌，1978.01,「臺灣海峽近岸海流之研究」，國立臺灣大學海洋研究所專刊第16號。